С началом Перестройки и развития рыночных отношений значение кооперативного образования возросло. В 1987 году на основании постановления Совета Министров СССР Московский кооперативный институт стал учебно-научным комплексом потребительской кооперации, в состав которого вошли: ВУЗ, Всесоюзный научно-исследовательский институт потребительской кооперации и Институт повышения квалификации. Одной из задач стало готовить первых советских предпринимателей в новых экономических реалиях.  

Распад СССР и слом советской командно-административной системы повлиял на систему кооперативного образования. В 1991 г. учебно-научным комплексом потребительской кооперации перешёл под юрисдикцию Центросоюза РФ.
В 1992 году изменился статус института. Он был реорганизован в Московский университет потребительской кооперации. Впоследствии несколько раз его переименовывали: в 2000 году - в образовательное учреждение «Московский университет потребительской кооперации», в 2004-ом – в образовательное учреждение высшего профессионального образования Центросоюза РФ «Московский университет потребительской кооперации».

В 2006 году постановлением правления Центросоюза РФ университет был преобразован в автономную некоммерческую организацию высшего профессионального образования Центросоюза РФ «Российский университет кооперации». Возросшая конкуренция в сфере высшего образования привела к значительному обновлению материально-технической базы Университета, разнообразию в подготовке востребованных специальностей (в том числе и предпринимательской деятельности).     

Особой уникальностью является, созданная в Российском университете кооперации система непрерывного образования, которая включает в себя образовательные программы довузовского обучения, среднего профессионального и высшего образования (специалитет, бакалавриат, магистратура, аспирантура, докторантура), повышения квалификации и профессиональной переподготовки. На сегодняшний день в региональную сеть Российского университета кооперации входят 14 филиалов по всей стране – от Камчатки до Калининграда

Ни один кооперативный союз в мире не имеет такой масштабной многоуровневой системы подготовки кадров от рабочих специальностей до воспитания собственных научных кадров. Подготовка выпускников осуществляется по направлениям и специальностям в соответствии с потребностями рынка труда, для таких секторов экономики как индустрия гостеприимства (туризм, сервис, общественное питание), технология переработки сельскохозяйственной продукции, торговля и контроль качества продукции, сфера IT, экономика и управление, педагогика и психология, юриспруденция.

Кроме того, высокий уровень преподавательского состава, современные методы обучения и четкое сочетание теоретических и практических аспектов образования позволяют выпускникам быть конкурентоспособными на рынке труда.